Knox ghi trong di chúc, "Tôi không hề nhận hối lộ, cũng không lừa dối ai; tôi không hề mua bán trao đổi điều gì."[57] Số tiền ít ỏi Knox để lại cho gia đình chỉ đủ để họ sống trong nghèo khổ đến nỗi, một năm sau khi Knox từ trần, Nhiếp chính James Douglas yêu cầu giáo hội tiếp tục trợ giúp họ; chính ông cũng tìm cách bảo đảm cho họ cuộc sống đầy đủ.[57][58]

Nhiều người xem Knox ngang hàng với những nhà cải cách vĩ đại khác như Martin Luther và John Calvin.[59] Knox cũng được xem là một nhân vật quan trọng ở Âu châu vì những đóng góp của ông trong 5 năm sinh sống ở Anh, và trong thời gian lưu lại Frankfurt và Geneva, ông đã có ảnh hưởng lớn trên phong trào Thanh giáo. Song, thành quả lớn nhất của Knox là những gì ông làm cho cuộc Cải cách Scotland. Cuộc cách mạng năm 1560 không chỉ cải cách tôn giáo ở Scotland mà còn đánh dấu một giai đoạn thực thi sự chuyển đổi quyền lực từ vương quyền cho quyền tự do cá nhân.[60] Knox cũng được xem là nhà sáng lập cộng đồng các giáo hội Trưởng Lão với hàng triệu tín hữu có mặt trên khắp thế giới.[61]